Sejak berdirinya pada tahun 1876, pengelolaan Pondok Pesantren Salafiyah dijalankan secara tradisional dan bersifat geneologis. Baru pada tahun 1994, dibentuklah Yayasan Ma`had As-Salafiyah sebagai titik awal pengelolaan pondok pesantren yang tersistem dalam suatu pola manajemen kepesantrenan dan tidak semata-mata mengandalkan ikatan geneologis. Dengan adanya Dewan Nadhir maka kewenangan pengendalian pondok pesantren tidak lagi tergantung pada satu figur namun merupakan kolektif kolegial dan bermuara pada sistem musyawarah mufakat. Yayasan Ma`had As-Salafiyah bertugas menyelenggarakan pengelolaan atau manajemen pesantren dalam segala aspeknya sesuai dengan visi, misi dan arahan yang telah ditetapkan oleh Dewan Nadhir.  Pada titik inilah institutional image Pondok Pesantren Salafiyah mulai mendapat perhatian.

Secara kelembagaan, instansi tertinggi pengambil kebijakan yang bersifat strategis struktural di Pondok Pesantren Salafiyah adalah Dewan Nadhir. Selain sebagai Nadhir Waqaf seluruh asset Pondok Pesantren Salafiyah, Dewan Nadhir adalah pengasuh pondok secara kolektif dengan kewenangan tertinggi dalam menentukan arah kebijakan pengelolaan dan pengembangan pesantren, sekaligus sebagai Dewan Pembina Yayasan. Untuk menjalankan arah kebijakan strategis tersebut, dibentuklah Dewan Pengurus Yayasan Ma`had As-Salafiyah. Dewan Pengurus berkewenangan menjalankan manajemen pesantren yang bersifat strategis fungsional sesuai dengan Anggaran Dasar dan Anggaran Rumah Tangga yang telah ditetapkan. Kebijakan strategis Dewan Pengurus merupakan langkah-langkah operasional yang harus dijalankan oleh unit-unit pelaksana kegiatan pesantren yang meliputi urusan ma`hadiyah, madrasiyah dan khidmah ijtima’iyah.

Untuk urusan ma`hadiyah, dibentuk kepengurusan pondok, baik putra maupun putri, yang bertugas melaksanakan kebijakan Dewan Pengurus Yayasan baik dalam lingkup program maupun penganggaran di bidang pembinaan, pelayanan dan pengaturan santri-santri yang menetap di pondok. Urusan Madrasiyah, baik putra maupun putri, dikelola secara mandiri di seluruh jenjang pendidikan yang ada, mulai Î’dadiyah, Ibtidaiyah (Awaliyah), Tsanawiyah (Wustho) dan Aliyah. Setiap madrasah berkewajiban mengambil langkah-langkah operasional dalam pengelolaan madrasah, mulai dari perumusan dan penetapan kurikulum, penyelenggaraan administrasi madrasah secara keseluruhan dan pengelolaan keuangan. Sedangkan urusan khidmah ijtima’iyah diselenggarakan oleh tiga lembaga, yaitu Koperasi Pondok Pesantren (KOPONTREN), Lembaga Pengabdian pada Masyarakat (LPM) dan Lembaga Informasi dan Studi Islam (L’ISLAM).