Sistem penanggalan akademik di Pondok Pesantren Salafiyah adalah dengan memakai sistem penanggalan Hijriyah (Qomariyah) seperti pondok-pondok salaf pada umumnya. Dengan memakai kalender akademik Hijriyah ini maka tahun ajaran baru pendidikan di Pesantren Salafiyah dimulai pada bulan Syawal dan berakhir pada bulan Sya'ban pada tiap tahunnya.

Dengan dimulai pada bulan Syawal, pendidikan pada semester pertama  akan berakhir pada awal bulan Rabi'ul Awal. Sedangkan semester kedua akan dimulai pada akhir bulan Rabi'ul Awal dan berakhir pada pertengahan bulan Sya'ban.

Untuk lebih jelas, berikut ini adalah bagan kalender akademik di Pondok Pesantren Salafiyah Pasuruan.